御祭神の大山津見神は浅間大社の御祭神、木花之佐久夜毘売命の御父神に当たらせられます。孝昭天皇2年（前474）の創建とされ延喜式神名帳に記載された富士郡三座のひとつです。『駿河国風土記』にて「不二神社 大山祇之命也。深待彦天皇二年丁卯六月之旬。始祭之。馬養祝部掌祭之為一宮。」と記されています。

浅間大社の社伝『富士山本宮社記』によると平城天皇の大同元年（806）征夷大将軍の坂上田村麻呂が勅命により東国を平定して帰京の途次、神恩に感謝して浅間大神を山宮の地から大宮の現在地（富士山本宮浅間大社）に遷座された時、すでに不二神社として祀られていた当社を立宿の地に移されたと伝えられています。富知神社は大宮の地主の神とされ、古くからこの地方の人々は篤い崇敬を捧げて祭ってきました。

富知神社は本宮に縁の深い神を祀った摂社という強いきずなで結ばれてきました。

福地太夫（ふくちたゆう）と言われる当社の神主は、明治の初年までは山田家が世襲していましたが現在は浅間大社の宮司が兼務しています。